当陈源背着苏云登上楼顶的时候,入目处,长三十多米,宽近二十米的楼顶上几乎挤满了人,有老有少,有男有女,陈源和苏云看过去的时候,这几百人正在像那栋七八层高的楼顶上那些人一样在争抢着上空飞行器抛下来的各种物资。纽约市下水道,四只小海龟和一只小老鼠由于接触了含有放射性物质的凝胶而变异为巨大的人化生物。暴躁冲动却富有激清的拉斐尔(乔什·帕斯 Josh Pais饰),幽默风趣的的米开朗基罗(迈克林·西提 Michelan Sisti饰),个性沉稳的多纳泰罗(雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰)以及他们的领导者达芬奇(大卫·福尔曼 David Forman饰),这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。他们神勇无比、所向匹敌,在多次行侠仗义后,与城市里的一个神秘组织结怨。神秘组织展开一次突袭,由于寡不敌众,忍者神龟受了重伤,同时,他们的老师也被这个神秘组织抓去。